순조 1년, 신유박해로 세상의 끝 흑산도로 유배된 호기심 많은 정약전은 그 곳에서 바다 생물에 매료되어 책을 쓰기로 한다. 이에 바다를 훤히 알고 있는 청년 어부 창대에게 도움을 구하지만 창대는 죄인을 도울 수 없다며 단칼에 거절한다. 창대가 혼자 글 공부를 하며 어려움을 겪고 있다는 것을 알게 된 정약전은 서로의 지식을 거래하자고 제안하고 거래라는 말에 창대는 못 이기는 척 받아들인다.
1801년 벽파 세력이 천주교를 탄압한다는 명분으로 대대적인 박해를 벌였다. 이 신유박해로 이승훈·정약종 등 많은 천주교도와 남인 시파가 처형되거나 유배되었다.
